La Federación de Baloncesto de Puerto Rico tiene el honor de presentar su distinguida Junta de Gobierno. Los miembros de la Junta de Gobierno son elegidos mediante un Congreso Nacional que se celebró por primera vez el 22 Mayo del 2016 y que se celebrará de cada cuatro años. La nueva Junta de Gobierno se compone de 33 miembros un presidente, una vicepresidenta, un secretario general, un tesorero, cincos directores de ligas federativas, siete directores de las ligas afiliadas, ocho miembros de interés público, los seis presidentes de las regiones federativas y un representante de atleta, entrenador, arbitro, oficial de mesa y comisión técnica.

Además del Comité Ejecutivo, la nueva Junta de Gobierno cuenta con las siguientes comisiones:

Comisión Técnica
Comisión Jurídica
Comisión de Apelaciones
Comisión de Ciencias Aplicadas
Comisión Financiera
Comisión de Selecciones Nacionales
Comisión de la Juventud
Comisión de Mercadeo
Comisión de relación con la NCAA, WNBA y NBA
Comisión de desarrollo del Baloncesto Femenino
Comisión de Mini Baloncesto Masculino